船舶通過能力和運營水平的提升為貨主企業帶來了顯著的經濟效益。隨著一期、二期工程的相繼完工,2002年至2009年,僅大宗散貨、石油及制成品、集裝箱等三大貨種運輸船舶因運輸費節約、中轉費節約和中轉損失減少產生的直接經濟效益就達729.83億元,相當于工程總投資的5倍。
長江口深水航道治理工程更帶動了長江沿線港口及航運的快速發展。據上海海事大學水運經濟研究所研究成果表明,2006年長江口深水航道治理工程對整個長江流域的經濟增長帶動貢獻達2019億元人民幣,占直接影響區域經濟總量的7.3%。長江黃金水道運輸量一躍成為世界第一。
長江口深水航道治理工程還保障了上海國際航運中心的建設形成。
深水航道、齊全的港口碼頭與通暢的集疏運條件是上海國際航運中心建設的硬件設施。上海港集裝箱吞吐量從2000年的561.2萬標箱劇增到2008年的2800萬標箱,躍居全球第二;貨物吞吐量從2000年的2.04億噸增加到2008年的5.8億噸,雄居世界第一大港。
如今,長江口深水航道蛟龍昂首,江海聯運,長三角已經邁入了“大船大港”時代。