"小三通"是指臺灣當局在兩岸未能事先磋商的情況下于2000年12月13日單方面批準的《試辦金門馬祖與大陸地區通航實施辦法》,俗稱"小三通" ,并決定于2001年1月1日開始實施。根據《試辦金門馬祖與大陸地區通航實施辦法》,凡設籍金馬地區滿6個月以上居民,得申請赴對岸觀光、旅游與從事商務活動。而大陸地區人民得經由金馬地區親友或旅行社,申請赴金馬地區進行旅游、商務、探親或探病奔喪;每年將允許一定數量的大陸同胞到金門和馬祖訪問,最長逗留時間不超過七天;明確規范開放大陸地區物品準許輸入金、馬兩地的項目,并予免關稅優惠,但現階段仍禁止大陸貨物經金、馬兩地轉運往臺灣地區,違者將依海關緝私條例懲處;"小三通"試辦期限為一年。
2001年1月1日,新年伊始,單方面實施"小三通"的臺灣當局就迫不及待地導演了一出"硬闖廈門"的鬧劇,結果以"海安號"首航失敗而草草收場。但2001年1月2日來自金門、馬祖的民眾訪問團、進香團則分別直航廈門、福州成功,完成了兩岸分隔五十多年來的首次客輪直接通航。
臺灣當局的這一計劃純屬政治手腕,虛張聲勢,其真實目的是擺脫在大陸政策上的困境,換取時間,回避"一個中國"原則。所謂的"小三通"沒有任何實際意義,因其沒有提供任何行之有效的方法來改善兩岸關系。對大陸而言,根本不存在"小三通"的問題。事實上,金、馬與福建已進行了多年的小額貿易,雙方早就已經通了。如今臺灣當局將之"除罪化", 對臺灣來說僅具宣傳上的意義,只能滿足金、馬少數民眾的需求,對于臺灣內部廣大民眾和工商界直接"三通"的需求根本無法滿足。臺灣新黨"議員"馮滬祥也說,"小三通"計劃只是單向"三通",而非真正意義上的雙向"三通"。