在臺(tái)商積極赴大陸投資及大陸當(dāng)局不斷向臺(tái)灣招商動(dòng)之際，以財(cái)經(jīng)見長的蕭萬長經(jīng)與島內(nèi)企業(yè)財(cái)團(tuán)領(lǐng)袖會(huì)商后，決定籌組兩岸共同基會(huì)，推動(dòng)及研究兩岸建構(gòu)共同市場(chǎng)，盼能為兩岸政治的和平、統(tǒng)合奠定基礎(chǔ)，并期待兩岸基金會(huì)成立后，能對(duì)兩岸日益頻繁的經(jīng)貿(mào)往來做出貢獻(xiàn)。 

       蕭萬長卸任“行政院長”后，積極鼓吹兩岸共同市場(chǎng)概念，并展開游說企業(yè)界捐款，結(jié)合臺(tái)灣包括臺(tái)積電董事長張忠謀、統(tǒng)一企業(yè)集團(tuán)總裁高清愿、國泰人壽童事長蔡宏圖以及新光集團(tuán)的吳東進(jìn)、吳東亮等人于2001年3月共同籌組成立“兩岸共同市場(chǎng)基金會(huì)”。盡管臺(tái)灣經(jīng)濟(jì)不景氣，蕭萬長還是集合了包括自己在內(nèi)的20位捐助人，每人捐款新臺(tái)幣500萬元，成立規(guī)模1億元的兩岸共同市場(chǎng)基金會(huì)。

       該基金會(huì)是民間組織，不是官方機(jī)構(gòu)，也沒有政黨色彩，并將基金會(huì)定調(diào)在研究論壇的角色，是研擬“兩岸共同市場(chǎng)”這個(gè)經(jīng)貿(mào)機(jī)制，具體運(yùn)作的規(guī)范與互動(dòng)模式的研究單位。

　　與海基會(huì)的區(qū)別

       海基會(huì)是“政府”指定的機(jī)構(gòu)，是與對(duì)岸做對(duì)口的單位，是與對(duì)岸對(duì)等的機(jī)構(gòu)；基金會(huì)則只鎖定兩岸共同市場(chǎng)，為研究、推動(dòng)的議題，因此，性質(zhì)上是完全不同的兩個(gè)單位。