大陸劃定東海防空識別區后，夾在大陸和美日之間的臺灣的表態受到關注。馬英九26日首度強調，防空識別區不涉及領空、領土，也與主權無關，27日臺灣又表示會向大陸提交飛行計劃。

　　對此，蘇貞昌等綠營大佬頻頻對馬英九發難。有島內評論稱，日本首先單方面改變現狀宣布釣魚島“國有化”，蘇貞昌只嗆馬當局，自己卻不敢向日本政府吭一聲，“何須等到日方看不起，臺灣人民就先瞧不起你了”。

　　據臺灣《中國時報》27日報道，馬英九26日在國民黨“中山會報”時主動提及大陸劃定東海防空識別區一事，強調大陸此舉不涉及主權和領土、領空，而且與臺灣公布的防空識別區重疊區域很小，不影響“國軍”演訓。他同時表示，臺當局仍會就此事向大陸與周邊地區表達嚴正關切立場，呼吁依照他所提的“東海和平倡議”架構，以自我克制、不升高對立以及擱置爭議、尋求和平解決爭端原則來解決問題。

　　相關人士解釋說，防空識別區類似經濟海域的概念，而非領空，因而比較不涉及主權，像臺灣與日本、菲律賓的經濟海域都有重疊。國民黨發言人楊偉中稱，當局始終以積極、穩健而有效的方式捍衛釣魚島主權與漁權，反而是民進黨在釣魚島問題上的退縮讓步、無所作為，幾乎是全民共識。

　　至于臺灣是否向大陸提交飛行計劃，“交通部長”葉匡時27日在“立法院”回答質詢時坦言，向大陸和日本雙方都遞交飛行計劃，“這是依照國際民航慣例”。臺民航局也稱，東海防空識別區是大陸用來識別具有敵意及攻擊行為的航空器，但不影響相關空域民航機的飛行自由；臺民航局是依國際飛航情報作業機制及慣例，送交飛行計劃給大陸空管局，“且經了解，新加坡和菲律賓也有送交”。據臺民航局統計，每天從臺北飛航情報區往北飛的航班中，有100班需向大陸提交飛行計劃。

　　臺當局的一系列克制表態經綠營解讀都變了味。據《自由時報》27日報道，“臺聯黨”主席黃昆輝26日對馬英九當局發出通牒，稱此次大陸劃定防空識別區范圍，再次證明馬英九欲推動的“軍事互信和解”只是投降的代名詞，要求馬必須在3天之內向正在臺灣訪問的大陸海協會會長陳德銘提出抗議，并要求陳德銘確實有所響應，否則“臺聯黨”揚言將把陳德銘列為不受歡迎人物，要求他立即離臺。

　　黃昆輝稱，倘若馬當局繼續悶不吭聲，“臺聯黨”將在3天后有所行動，至于行動內容為何，目前還不能透露細節。民進黨主席蘇貞昌27日稱，這就是為什么這么多臺灣人會質疑馬英九親中。他提出兩條建議，一是不要讓臺灣的航空公司提交什么飛行計劃書；二是聯合日本、韓國及東南亞，要求大陸撤回劃設防空識別區的動作。民進黨“立委”葉宜津還稱，臺灣提交飛行計劃形同民航局“馬上投降”，等于同意大陸劃設，“臺灣的態度不應該怯懦，連抗議的態度、骨氣都沒有，令人無法接受”。

　　綠營的態度遭到不少島內媒體批評。東森新聞27日稱，臺灣夾在大陸和美日兩大勢力之間左右為難，馬英九的做法很務實。《中國時報》稱，臺灣夾在大陸與日本之間，本來就非常敏感，又陷入中美日沖突的暴風核心圈，理應小心應對，蘇貞昌卻“放言高論”加碼緊張情勢，真是搞不清楚自己的立場。大陸劃界針對日本，怎會對臺灣“侵門踏戶”，“兩岸憲法本來就各自涵蓋對方治下的領土，大陸當然擁有憲法權利代表臺灣對日本爭取釣魚臺(即釣魚島)主權”。

　　文章認為，面對復雜的東亞戰略情勢，臺灣如果選邊中國大陸，可能有利于兩岸關系的深化，但會得罪美日安保同盟；反之，已進入深水區的兩岸關系會非常困難，“目前中國大陸與美日兩國均未逼迫臺灣表態，臺灣仍能保持戰略模糊……蘇貞昌在釣魚臺主權問題上一向軟弱，現在卻要求馬英九強硬，但政府錯誤的強硬將陷臺灣于不義，蘇貞昌究竟安的什么心？”